Napoléon est d’abord nommé Premier Consul puis Empereur en 1804. Il procède à la réorganisation administrative, financière et économique du pays. De nombreux soldats alsaciens s’engagent aux côtés de Napoléon, tels que Kléber et Kellermann, tous deux généraux strasbourgeois.
Après les conquêtes de la Révolution (abolition de privilèges, acquisition de terres par des milliers de paysans), et le règlement des problèmes religieux, l’Alsace voit naître l’exaltation militaire sous Napoléon.
Avec la chute de l’Empire, de nouvelles invasions touchent l’Alsace en 1814 et en 1815.